信愛保育園は、１９１４年（大正３年）８月．京都市初の保育園として、開設されました。
創立者園部マキは、キリスト教主義の同志社女学校卒業後に米国に留学して看護師と助産師資格を取得し、西陣の自宅で看護塾を開いていましたが、不景気の折りに困窮していた５人の幼い子どもと病気の母親をお世話したことをキッカケに、保育園事業を始めました。
当時は、福祉法の整備や財政面の制度等は何もありませんでしたが、キリスト教の精神を基盤とした、あたたかい家庭のような保育を目指して始めた保育園は多くの協力者の支援を得て、新しい木造園舎を建設し、当時珍しいサンルームなど乳児室が増築されました。 第一次大戦後の経済恐慌により物価は高騰し、三度の食事も出来ない家庭が多くありましたが、保育園では、創立当初から完全給食を実施していました。
１９３４年（昭和９年）には、母子心中が新聞紙面を賑わした事がきっかけとなり、母子寮（希望寮）を創設しました。生活苦のために赤ん坊をおんぶして疎水に飛び込んだ母子が入寮者の第一号でした。
太平洋戦争が激化すると、近隣の保育園や幼稚園、学校は疎開を始めました。
母子寮は強制疎開に遭い寮舎のほとんどを失いましたが、保育園はこの地に残り、疎開のできない子ども達、母子家庭や戦争犠牲者の子ども達とともに１日も休園せずに保育を続けました。
戦後の復興とともに働く母親が増え、乳児保育と学童保育の要望が強まったことを受け、１９６７年（昭和４２年）新しい乳児室（現在の乳児棟）を増築、１９７１年（昭和４６年）母子寮を閉鎖した跡に、学童保育所「信愛こども家」を始めました。
やがて、大正時代からの趣のあった木造園舎は、老朽化したため、１９７８年（昭和５３年）新園舎を建設しました。 ２０１６年（平成２８年）より学童保育希望者数の増大により、学童の分室を開設し、2か所で学童保育を行なっていましたが、２０２１年（令和３年）１１月より幼児棟別館のみを残し、既存の園舎を取り壊し、改築工事を行いました。２０２２年（令和４年）11月に新園舎が完成し、1、2階は保育園、3階に学童信愛こどもの家、保育園と学童保育所の一体型施設となり今日に至っています。